Rumah Penyimpanan Benda Sitaan Negara Kelas I Yogyakarta berdiri pada tanggal 25 Januari 2001 dan mulai Tahun 2001 sampai dengan tahun 2004 Rupbasan Kelas I Yogyakarta masih bergabung dengan Lembaga Pemasyarakatan Kelas IIA Yogyakarta. Kemudian pada tahun 2004 Gedung kantor Rupbasan Kelas I Yogyakarta mulai dibangun dengan lokasi Jalan Tamansiswa No.08 Yogyakarta dan diresmikan pada tanggal 22 Februari 2008.